>> aplikace napsaná v C++ bude výrazně rychlejší než sebelépe optimalizovaná aplikace využívající JavaScript
Já bych spíš řekl, že bude z principu rychlejší, v drtivé většině případů ale spíš neznatelně než výrazně. Nevýhodou je, že se bude muset řešit kompilace a testování pro různé platformy. Případů, kdy ta práce navíc za to bude stát, asi moc nebude...
To si nějak neumím představit - klasické aplikace s vlastním UI takhle použít na 99% nepůjdou (sandbox nejspíš bude izolovat i od API operačního systému), takže jedině využít nějaké výpočetní knihovny (což u webové aplikace nebude dvakrát moc časté použití).
Budu se opakovat: těch případů, kdy se to bude hodit, bude podle mě hodně málo.
Je to tak, při použití native client programujete proti tzv. Pepper API, které zapouzdřuje funkčnost HTML5 a komunikaci s JavaScriptem. V praxi se tedy budou moct vzít jen nějaké knihovny, ale UI se bude muset vytvořit od základu znovu (snad kromě OpenGL grafiky, která má být v tom Pepper API v budoucnu zahrnuta taky).