Ano, máte pravdu. Z zákona skutečně výslovně vyplývá, že neplatná bude dohoda (v tomto případě část smlouvy). Jde tedy o neplatnost jen částečnou, a to zejména v tom případ, pokud se důvod neplatnosti vztahuje jen na část právního úkonu.
Pokud však jde o natolik podstatnou část smlouvy, že ji nelze oddělit od ostatního obsahu, bude smlouva neplatná jako celek také (nikoli tedy jen dohoda).
V obou případech však bude smlouva neplaná, a to jednou částečně, a jednou úplně.
Klasický příklad: podnikatel s nepodnikatelem uzavřou kupní smlouvu, přičemž si dle 262 dohodnou režim obz a prodávající poskytne kupujícímu záruku na vady v délce 12ti měsíců. Nepochybně dojde ke zhoršení právního postavení kupujícího. Pokud má smlouva veškeré podstatné náležitosti vyžadované obč. zák, pak se řídí OZ. Pokud nemá, pak jde o smlouvu neplatnou.
BTW předloni jsem narazil v PGS na Slovákově v Brně na pěkný názor: jsme v obchodě, takže se kupní smlouva řídí obchodním zákoníkem :-).
V zákoně je uvedeno "Strany si mohou dohodnout, že jejich závazkový vztah, který nespadá pod vztahy uvedené v § 261, se řídí tímto zákonem. Jestliže taková dohoda směřuje ke zhoršení právního postavení účastníka smlouvy, který není podnikatelem, je neplatná. "
Tomu lze dle mého názoru rozumět tak, že ona dohoda o použití obch. zákoníku je neplatná, nikoliv že smlouva jako taková je neplatná.